Aunque hasta un tercio de los casos de vaginosis bacteriana puede resolverse por sí solos, se recomienda que se preste atención médica si se presentan síntomas o esta se produce durante el embarazo, para evitar así el desarrollo de complicaciones. Los antibióticos son el tratamiento recomendado para la vaginosis bacteriana, por ejemplo el metronidazol (Flagyl) adoptado por cualquiera de las formas orales o el gel vaginal de metronidazol (Metrogel). También está disponible la crema de clindamicina vaginal (Cleocin). El metronidazol oral puede causar algunos efectos secundarios menores pero desagradables, pero se cree que es el tratamiento más efectivo. Los geles no suelen causar efectos adversos, aunque la vaginitis por hongos puede ocurrir como un efecto secundario de la medicación.
Tinidazol (Tindamax) es un antibiótico que parece tener menos efectos secundarios que el metronidazol y también es eficaz en el tratamiento de la vaginosis bacteriana.
La recurrencia de vaginosis bacteriana es posible incluso después de un tratamiento exitoso y más de la mitad de los casos experimentan síntomas recurrentes dentro de los 12 meses. No está claro por qué se desarrollan tantas infecciones recurrentes. Con síntomas recurrentes, generalmente se prescribe una segunda tanda de antibióticos.