Las mujeres con vaginosis bacteriana tienen un mayor riesgo de contraer la infección por el VIH, así como otras enfermedades de transmisión sexual, incluyendo el herpes genital, la gonorrea y la clamidia.
En el embarazo, la vaginosis bacteriana se ha relacionado con el parto prematuro, pero la relación todavía no está clara. El tratamiento se recomienda, a menudo, antes de la histerectomía, parto por cesárea, o la inserción de un DIU con el fin de evitar la propagación de la enfermedad en los órganos pélvicos.
Sin embargo, el tratamiento de la vaginosis bacteriana durante el embarazo que no esté causando síntomas no se ha demostrado que disminuye la incidencia de nacimientos prematuros en la mayoría de los estudios. Por estas razones, la detección y el tratamiento de la vaginosis bacteriana durante el embarazo son controvertidos, y todavía se están realizando investigaciones para determinar su utilidad y valor.